フレコンバッグは、食品・農業・廃棄物処理など多くの分野で使われるため、関係する法律・ガイドラインも複数の省庁にまたがります。主なものを紹介します（リンクはいずれも公式サイトです）。
厚生労働省 — 食品衛生法
米・麦などの穀類や野菜等の収集・運搬・保管には、食品衛生法第16条（器具及び容器包装）に適合するフレコンバッグが必要です。食品関係の規格基準はよく変わり、法令ではなく通知で示されることもあるため、最新の情報を確認してください。
法令の全文: 食品衛生法（e-Gov法令検索）
農林水産省 — 家畜防疫（口蹄疫・高病原性鳥インフルエンザ）
口蹄疫や高病原性鳥インフルエンザの防疫作業では、殺処分した家畜・家きん、汚染された飼料、使用済みの防護服・手袋・ゴーグル、消毒用の消石灰を入れる袋などとして、フレコンバッグが使われます。防疫指針・マニュアルは農林水産省のページで公開されています。
家畜の防疫（農林水産省）／鳥インフルエンザに関する情報（農林水産省）
環境省 — 廃棄物処理法（アスベスト等）
アスベスト（石綿）やアスベストを含む廃棄物は特別管理産業廃棄物に指定されており、廃棄物の処理及び清掃に関する法律（廃棄物処理法）に従って処理する必要があります。環境省の「石綿含有廃棄物等処理マニュアル」に沿ったフレコンバッグが必要です（マニュアルの最新版は環境省サイトでご確認ください）。
法令の全文: 廃棄物の処理及び清掃に関する法律（e-Gov法令検索）
環境省 — 放射性物質汚染対処特措法
東北地方太平洋沖地震による原子力発電所事故を受けて、汚染された環境への対策として「放射性物質汚染対処特措法」に基づく「廃棄物関係ガイドライン」が出されています。ガイドラインは「汚染状況調査方法」「特定一般廃棄物・特定産業廃棄物関係」「指定廃棄物関係」「除染廃棄物関係」「放射能濃度等測定方法」の5部構成で、フレコンバッグに関係するのは主に「第四部 除染廃棄物関係ガイドライン」です。
消費者庁 — 製造物責任法（PL法）
製品の欠陥によって生命・身体または財産に被害を受けた場合、製造会社などに対して被害者が損害賠償を求めることができる民事ルールです。